Video: ¿Qué es un archivo de índice BAM?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Última modificación: 2023-12-15 23:45
A Archivo BAM (. bam ) es la versión binaria de un SAM expediente . UN SAM expediente (. sam) es un texto delimitado por tabuladores expediente que contiene datos de alineación de secuencia. Indexación : IGV requiere que tanto SAM como Archivos BAM ser ordenados por posición y indexado , y que el archivos de índice seguir una convención de nomenclatura específica.
Asimismo, la gente pregunta, ¿cómo abro un archivo BAM?
Desde el Expediente menú elegir Abierto y seleccione Archivos BAM desde el lado izquierdo. Seleccione el botón a la derecha que dice Agregar un Archivo BAM . Navega al BAM Prueba Archivos carpeta que descargó, seleccione with_index_with_graph. Hacer clic Abierto , seleccione mapt.
En segundo lugar, ¿cómo convierto un archivo BAM a Fastq? A continuación se muestran los pasos para convertir un archivo BAM a formato FASTQ. Esto funcionará en Linux y requerirá SAMTOOLS y BEDTOOLS
- Descarga SAMTOOLS.
- Extraiga usando el comando tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Creará una carpeta con el nombre samtools-version.
- Vaya al directorio cd samtools-version.
Del mismo modo, ¿cómo convierto un archivo BAM a un archivo SAM?
Para convertir SAM para BAM , usamos el comando samtools view. Debemos especificar que nuestra entrada está en Formato SAM (por defecto espera BAM ) usando la opción -S. También debemos decir que queremos que la salida sea BAM (por defecto produce BAM ) con la opción -b.
¿Qué hace Samtools View?
Samtools es un conjunto de utilidades que manipulan alineaciones en formato BAM. Importa y exporta al formato SAM (Sequence Alignment / Map), lo hace ordenar, fusionar e indexar, y permite recuperar lecturas en cualquier región rápidamente. Samtools está diseñado para funcionar en una secuencia.
Recomendado:
¿Es un archivo TIFF un archivo vectorial?
TIF - (o TIFF) son las siglas de Tagged Image File Format y es un archivo rasterizado grande. Un archivo TIF se usa principalmente para imágenes en la impresión, ya que el archivo no pierde información o calidad como lo hace un JPEG. Es un archivo basado en vectores que puede contener texto, así como gráficos e ilustraciones
¿Cómo convierto un archivo delimitado por tabulaciones a un archivo csv?
Vaya al menú Archivo, elija 'Archivo delimitado por OpenCSVTab' (o simplemente presione Ctrl + O), y luego desde el cuadro de diálogo abierto, elija el archivo delimitado por pestañas para abrir. Puede copiar la cadena delimitada por tabuladores al portapapeles y luego usar la opción 'Abrir texto en el portapapeles' (Ctrl + F7)
¿Qué es el archivo de transacciones y el archivo maestro?
Definición de: archivo de transacciones. Transactionfile. Una colección de registros de transacciones. Los archivos de intransacciones de datos se utilizan para actualizar los archivos maestros, que contienen los datos sobre los sujetos de la organización (clientes, empleados, proveedores, etc.)
¿Qué son las firmas de archivo o los encabezados de archivo que se utilizan en la ciencia forense digital?
Tipos de archivo Una firma de archivo es una secuencia única de bytes de identificación escritos en el encabezado de un archivo. En un sistema Windows, la firma de un archivo normalmente se encuentra dentro de los primeros 20 bytes del archivo. Los diferentes tipos de archivos tienen diferentes firmas de archivos; por ejemplo, un archivo de imagen de mapa de bits de Windows (
¿Cuál es la diferencia entre un índice de agrupamiento y un índice secundario?
Índice principal: en un archivo ordenado secuencialmente, el índice cuya clave de búsqueda especifica el orden secuencial del archivo. También se llama índice de agrupación. Índice secundario: índice cuya clave de búsqueda especifica un orden diferente al orden secuencial del archivo. También se llama índice de no agrupación